Бухта Понтонная названа в честь событий Керченско-Феодосийской десантной операции (26 января 1941 по 2 января 1942 года). В те дни происходила активная высадка десантников в условиях  ледяного ветра и штормящего Азовского моря. На мотоботах и других плавательных средствах на крымский берег с таманского полуострова высаживались солдаты и техника с вооружением, загруженными в том числе на понтоны. С той лютой зимы в бухте так и продолжают оставаться два затопленных на небольшой глубине понтона, которые и дали название бухте.